وافره به خدمت شاه اسمعيل آمده اظهار اطاعت و انقياد كردند ، لهذا شاه اسمعيل حكومت بلخ و شبرغان و اندخود را به بيرام بيك قرمانى داد و متوجّه عراق گرديد و در بلدهء قم قشلاق نمود . آمدن پانزده هزار خانوار تركمان تكلّو از بلاد عثمانى به خدمت شاه اسمعيل بعد از آنكه على پاشا صدراعظم عثمانى را با پنجاه هزار قشونى كه همراه داشت و به قصد تدمير آنها حركت كرده بود منهزم نموده بودند . هم در اين سال بابر پادشاه گوركانى متوجّه حصار شادمان و بدخشان و قندز و بقلان گرديد ، حمزه سلطان و مهدى سلطان كه حكمران آن ولايت بودند لشكر طخارستان را جمع كرده به استقبال بابر پادشاه شتافتند و جنگ سختى در ميان درگرفت ، آخر الامر لشكر حمزه سلطان و مهدى سلطان تاب مقاومت نياورده فرار كردند و حمزه سلطان و مهدى سلطان كشته شدند و بابر پادشاه در كمال عظمت در بدخشان استقلال يافت و سفرا نزد شاه اسمعيل فرستاده اظهار داشت كه اگر قشونى از طرف اين پادشاه به كمك او رود سمرقند را مسخّر ساخته در آن ولايت سكّه و خطبه را به اسم شاه اسمعيل نمايد شاه اسمعيل مسئول را قبول كرده احمد بيك صوفى اوغلى و شاهرخ بيك افشار را با دسته قشونى به كمك بابر پادشاه روانه كرد ، بابر پادشاه به امداد اين لشكر مستظهر گشته متوجّه سمرقند گرديد ، تيمور سلطان و عبيد خان چون از توجّه بابر پادشاه باخبر گشتند به تركستان گريختند و موكب بابر به سمرقند ورود كرده خطبه به اسم شاه اسمعيل خواند و در سكّه اسم ائمهء طاهرين سلام اللّه عليهم اجمعين را نقش كرد و خاقان ميرزا را حكومت بدخشان داد و احمد بيك صوفى اوغلى را با پيشكش فراوان به خدمت شاه اسمعيل فرستاد امّا چون در باب رعايت محمّد جان آقاى ايشيك آقاسى كه به مهمّى به سمرقند رفته بود تغافلى رفته چون محمّد جان در قم به اردوى شاه اسمعيل پيوست عرض كرد بابر پادشاه خيال سركشى دارد شاه اسمعيل به خيال دفع او افتاد و نجم ثانى كه وكيل بود درخواست نمود كه روانهء ماوراء النّهر شود شاه اسمعيل قبول اين درخواست كرده زين العابدين بيك صفوى و پيرى بيك قاجار و بادنجان بيك روملو را با عساكر وافر همراه نجم ثانى كرد و نجم ثانى با كمال غرور عازم سمرقند گرديد . هم در اوايل ذيحجّهء اين سال شاه اسمعيل منصب صدارت را به امير عبد الباقى يزدى كه از اولاد شاه نعمت اللّه ولى كرمانى بود داد ، و امير سيّد شريف